Uma espécie de analepse do jogo que deu início a uma série de grande sucesso, Resident Evil Archives: Resident Evil Zero conta a história inicial e expõe a tirania interna da Corporação Umbrella, permitindo que os jogadores descubram as origens do Vírus T num enredo épico que desvenda os horrores que conduziram ao incidente na mansão infame.

A acção de Resident Evil 0 começa em Julho de 1998 nos subúrbios de Raccoon City, uma pequena cidade localizada na região ocidental. São registados diversos incidentes de pessoas que foram devoradas por uma criatura estranha. O departamento policial de Raccoon City considera os terríveis homicídios uma prioridade máxima e rapidamente coloca uma equipa de missão especial, a equipa Bravo da S.T.A.R.S., a investigar o caso. Quando a equipa se dirige para o local dos crimes, o helicóptero que a transporta começa a ter problemas mecânicos e acaba por fazer uma aterragem forçada no meio da floresta que circunda Raccoon City. A Equipa Bravo consegue escapar com êxito, mas perde todo o equipamento e armamento. Assim que os membros da equipa se recompõem do choque, deparam com uma visão chocante. Diante deles está um camião de transporte capotado e meio destruído com os cadáveres de vários oficiais da marinha que foram barbaramente assassinados e mutilados. Sob as ordens do Comandante Enrico, a Equipa Bravo começa a investigar o desaparecimento do Capitão Billy Coen, um dos oficiais que supostamente estava no veículo capotado, mas cujo corpo não é encontrado. A Equipa Bravo não imaginava que esta investigação iria ser o começo de um pesadelo horrível.

As circunstâncias levam a operacional da S.T.A.R.S., Rebecca Chambers, a juntar-se a Billy Coen, e ambos têm de trabalhar em equipa para se manterem vivos. Resident Evil 0 apresenta o sistema de "Zapping de Parceiro" que permite ao jogador alternar o controlo entre as duas personagens instantaneamente de modo a resolver enigmas e derrotar as criaturas aterrorizadoras do jogo.